Malí hlaut sjálfstæði árið 1960 eftir að hafa verið frönsk nýlenda frá því í lok 19. aldar. Næstu áratugir einkenndust af óróa og átökum og frá árinu 1968 stjórnaði landinu einræðisherrann Moussa Traoré. Kröfur um lýðræði og fjölflokkastjórn jukust fram undir lok 9. áratugar síðustu aldar og árið 1991 var Traoré steypt af stóli við valdarán hersins. Ný stjórnarskrá var samþykkt árið 1992 í kjölfar þjóðaratkvæðagreiðslu og var Alpha Konare kjörinn forseti landsins.
Á 10. áratug síðustu aldar voru frekari átök á milli stjórnvalda og túarega-hirðingja í norðurhluta Malí. Hirðingjum þótti stjórnvöld ekki tala sínu máli og börðust fyrir aðskilnaði og sjálfstæði Azawad, svæðis í norðurhluta landsins. Samið var nokkrum sinnum um frið á milli stjórnvalda og hirðingjanna á 10. áratugnum en óánægjan óx.
Amadou Toumani Touré var kjörinn forseti árið 2002 og var endurkjörinn árið 2007. Ný uppreisn braust út árið 2007. Túaregar í Malí og Níger börðust fyrir því að fá að taka meiri þátt í efnahagsþróun á svæðinu og fá meiri sjálfsstjórn. Átök í Malí fóru aðallega fram á Kidal-svæðinu í norðausturhluta landsins. Uppreisninni lauk með nýjum friðarsamningi milli stjórnvalda og túarega árið 2009.
Uppreisn túarega í norðurhluta landsins - 2012
Átök brutust út í janúar 2012 milli stjórnarhers Malí og hópa úr MNLA - the National Movement for the Liberation of Azawad. MNLA er pólitískur uppreisnarhópur sem í eru aðallega túaregar sem berjast fyrir sjálfstæði Azawad. MNLA hafði myndað bandalag með nokkrum múslímskum uppreisnarhópum. Fyrsta árásin átti sér stað í bænum Ménaka þar sem MNLA réðst á tvær herstöðvar. Einnig náðu þeir stjórn yfir bæjunum Aguelhok og Tessalit. Styrkur árásanna kom hernum á óvart. Uppreisnarmenn höfðu fengið aðgang að nýjum og þyngri vopnum eftir borgarastyrjöldina í Líbýu og er fullyrt að sumir af uppreisnarmönnunum hafi haft hernaðarlega reynslu frá Líbýu.
Margir múslímskir uppreisnarmenn börðust við hlið MNLA gegn hernum. Hópurinn Ansar Dine, undir forystu túareg-hirðingjans Iyad Ag Ghali, barðist ekki endilega fyrir sjálfstæðu ríki heldur vildi innleiða sjaríalög eða íslömsk lög í Malí. Al-Qaida in the Islamic Maghreb (AQIM) starfar í mörgum löndum á svæðinu og fer eftir alþjóðlegum múslímskum áherslum. Þeir styðja malísku uppreisnarhópana í átökunum sem og bardaga- og vopnaþjálfun.
Uppreisnin breiddist til norðurs og tóku uppreisnarhóparnir stjórn yfir fleiri svæðum. Á sama tíma voru mótmæli í höfuðborginni Bamako gegn stjórnvöldum sem og meðhöndlun hersins á uppreisnarmönnum. Túaregar, sem bjuggu í Bamako, flúðu því þeir óttuðust refsiaðgerðir. Borgarar á Kidal-svæðinu lögðu á flótta vegna bardaganna og flúðu margir þeirra til nágrannalandsins Máritaníu.
Valdarán hersins
Liðsforingjar í malíska hernum voru óánægðir með hvernig stjórnvöld og herinn meðhöndluðu uppreisn túareganna. Herinn framdi því valdarán í mars 2012. Hinum sitjandi forseta var steypt af stóli, þjóðþingið leyst upp og stjórnarskrá sett til hliðar. Valdaráðin var fordæmt á alþjóðavettvangi. Leiðtogi valdaránsins, höfuðsmaðurinn Amadou Sangogo, hét því að vinna bug á uppreisnarmönnunum. Fram að því hafði illa búinn herinn auðveldað sigra uppreisnarmannana.
Valdaránið leiddi til enn frekari óstöðugleika í landinu. Það gerði MNLA og múslímskum hópum auðveldara að ná valdi yfir helstu borgum í norðurhluta landsins. Kidal, Timbuktu og Gao féllu í hendur uppreisnarmanna í apríl og MNLA lýsti því yfir 6. apríl að Azawad væri sjálfstætt ríki. Það hefur þó ekki verið viðurkennt á alþjóðavettvangi sem slíkt. Sangogo höfuðsmaður samþykkti að fela völdin í hendur bráðabirgðastjórnar og var Dioncounda Traové skipaður forseti.
Átök milli þjóðernissinnaðra og múslímskra uppreisnarhópa
MNLA hóf uppreisn í bandalagi við Ansar Dine og aðra múslímska hópa. Skömmu eftir að þeir náðu völdum á svæðinu í norðri varð samstarfið erfitt og Ansar Dine, AQIM og MOJWA (Movement for Oneness and Jihad in West Africa) snerust gegn MNLA. Átökin snerust um það hvort Azawad ætti að verða íslamskt ríki, með sjaríalög, eða sjálfstætt, óhátt ríki án þjóðtrúar. Múslímsku hóparnir réðust á MNLA, tóku stjórnina í ýmsum borgum og hófu að innleiða sjaríalög. Dans, barir, fótbolti, vestræn og malísk tónlist var bönnuð og konur þurftu að hylja sig.
MNLA missti í júní stjórnina í stórborgunum Kidal, Gao og Timbuktu. Ansar Dine lýsti því yfir að þeir hefðu stjórn á öllu svæðinu og myndu fljótlega innleiða sjaríalög. Múslímsku uppreisnarhóparnir héldu völdum í norðri og fikruðu sig suður á bóginn. Í september tóku þeir stjórn í bænum Douentze, sem var hernaðarlega mikilvægur, og færðu sig nær miðhluta Malí. Það olli áhyggjum, bæði hjá ríkisstjórninni og alþjóðasamfélaginu.
Efnahagsbandalag Vestur-Afríkukríkja, ECOWAS (Economic Community of West African States), skipulagði hernaðaraðgerðir til að ná aftur stjórn á norðurhluta landsins en ástandið stigmagnaðist áður en þeir gátu sent herlið. Þegar sveitir uppreisnarmanna í janúar 2013 tóku stjórn á borginni Konna og stefndu að því að taka höfuðborgina Bamako næst bað Traouré, forseti Malí, Frakka um aðstoð.
Franskur liðsafli í Malí
Franskur liðsafli skarst í leikinn í Malí 11. janúar 2013. ECOWAS flýtti fyrir fyrirhuguðum hernaðaraðgerðum og sendi fljótlega friðargæsluliða. Með loftárásum og liðsafla tókst malíska hernum (með bandamönnum) næstu vikur að ná til baka stjórninni yfir flestum þeim svæðum sem múslímar höfðu hertekið. Uppreisnarhóparnir héldu þó áfram skæruliðaárásum og sjálfsmorðsárásum á svæðinu. Árásin á Statoil-byggingu í In Amenas (Alsír) 16. janúar 2013, þar sem AQIM-uppreisnarmenn tóku gísla og drápu marga erlenda starfsmenn, er talin vera viðbrögð við íhlutun Frakka í Malí. Samtímis íhlutuninni hélt MNLA áfram að berjast við múslímska hópa.
MNLA fullyrti að það styddi íhlutunina og vildi berjast við múslímana ásamt hernum og erlendu liðssveitunum. Íhlutunin gerði það auðveldara fyrir MNLA að taka til baka stjórnina á Kidal-svæðinu. MNLA hætti við kröfuna um sjálfstæði og kaus samvinnu með liðssveitunum til að berast gegn múslímum.
Friðartilraunir
Brottflutningur fransks herliðs frá Malí hófst í apríl 2013 og lét ábyrgð á öryggismálum í hendur afríska liðsaflans, malíska hersins og friðargæsluliða Sameinuðu þjóðanna. Ástand öryggismála í landinu batnaði eftir að malíski herinn og bandamenn hans höfðu náð stjórn á ástandinu í norðurhluta landsins og rekið uppreisnarmenn út úr bæjunum. Samið var um vopnahlé milli MNLA og bráðabirgðaríkisstjórnar Malí í júní 2013. Þá var nýr forseti kosinn, Ibrahim Boubacar Keita, sem vakti von um breytingar.
Árás á Sameinuðu þjóðirnar
Í maí 2014 flosnaði upp úr hinu viðkvæma vopnahléi. Túaregarnir/MNLA-aðskilnaðarsinnar tóku á ný stjórnina yfir Kidal og öðrum bæjum í norðurhluta landsins. Níu friðargæsluliðar Sameinuðu þjóðanna voru drepnir í október sama ár. Þetta var versta árás á Sameinuðu þjóðirnar í Malí frá því verkefnið hófst en talið er líklegt að einn af múslímsku hópunum hafi staðið á bak við hana.
Í mars 2015 var gerð hryðjuverkaárás á veitingastað sem margir Vesturlandabúar sóttu. Þrír voru drepnir. Í þetta sinn var það múslímski hópurinn Al-Mourabitoun, bandamenn al-Qaeda, sem stóð að baki árásinni. Leiðtoginn, Mokhtar Belmokhtar, sagði að árásin væri hefnd m.a. vegna þess að Vesturlandabúar höfðu niðurlægt Múhameð spámann. Daginn eftir var gerð eldflaugaárás á herstöð Sameinuðu þjóðanna í Kidal en ekki er vitað hverjir stóðu að baki henni. Þrír voru drepnir og 14 særðust. Flest fórnarlömbin voru starfsmenn Sameinuðu þjóðanna.